気がつけば、魔法と科学が融合した浮遊都市アストラリスにいた神崎渉。記憶は失われていたものの、体の中を流れる魔力と「記憶の結晶」の存在だけは確かだった。不思議な少女との出会いを皮切りに、彼は自身の記憶と転生の真相を追い求める旅に出る。